第三、施用生物肥料可以提高作物产量、改善作物品质。当前，因化肥，特别是化学氮肥施用量过高而导致农作物品质下降的现象屡有发生，如蔬菜中硝酸盐的累积和蛋白质含量降低，籽粒作物中有益氨基酸含量下降、籽粒不饱满等，同时，过量施用化肥，还将使作物出?quot;疯长"等现象，并可能导致其减产。因此，在部分地区，适当降低化肥，特别是化学氮肥的施用量，对提高作物的产量和品质、改善农业生态环境可能比增施化肥更为重要。在豆科作物上施用根瘤菌制剂，不仅可提高收获物中蛋白质的含量，而且还使大豆和花生平均增产10～20％；紫云英和苕子平均增产40％以上，在新开垦地中甚至可增产1～2倍；豌豆增产15％；蚕豆增产17％；柽麻增产13～30％。但施用不当，则可能增产效果很小或甚至无效果。使用其它类型的生物肥料，亦可使作物增产10％左右，且其品质也较单施化肥有一定改善。又据中国农业大学、吉林省农业科学院等单位的有关研究，如果施用方法得当，施用生物复合肥肥力高(用量7.5～15kg/hm2)亦可使水稻增产5～15％，小麦增产3.1～10.0％，棉花增产7.8～30.2％，甘蔗增产约14％，油菜增产2.6～17.5％，蔬菜作物增产10％以上。而且，同时还节省了10～30％的化学氮肥，并同时使作物品质得到改善。可见，施用生物肥料不仅可以取得较好的增产和改善作物品质的效果，而且其经济效益也是较大的。
第四、发展生物肥料可以减少了环境污染。当前，施肥所导致的环境污染问题已越来越受到人们的广泛关注。据有关资料，在我国主要湖泊的富营养化中，来自农业非点源污染的影响甚至超过了工业污染。化肥施入土壤后，除被作物吸收利用的部分外，还有相当部分通过渗漏、挥发及硝化与反硝化等途径损失，因此将不可避免地导致对大气、水体及土壤等环境的污染，在能量和经济上也是一种浪费。而施用生物肥料如固氮类生物肥料，不仅可适当减少化学肥料的施用量(如前述施用肥力高可减少10～30％的化学氮肥)，而且因其所固定的氮素直接贮存在生物体内，相对而言，对环境污染的机会也就小得多。
化肥的生产过程中也存在对环境的污染因素，如生产氮肥时向空气中排放的SO2、CO2等气体及煤尘等沉降物，既是产生酸雨的重要物质来源，其本身也是对环境的极大污染。磷矿的开采、生产过程中亦产生大量粉尘及废酸等，部分磷矿中还含有少量的重金属等物质，亦将在一定程度上导致环境污染的发生。
生物肥料的生产主要是利用腐熟有机物作为微生物生活的能源和营养物质，再在此基础上接种各种类型的微生物，在这些过程中基本上不存在环境污染问题，并且在一定程度上还是对废弃有机物的再利用，有利于环境保护。所以，应用生物肥料对减少环境污染、减轻化肥生产和施用对环境的压力具有十分重要的意义。
第五、施用生物肥料能在一定程度上改善土壤的理化性质。施用生物肥料，由于减少了化肥对土壤养分、结构等方面的不良影响，同时又使微生物的活动能力得到增强，所以，相对改善了土壤的理化性质，并提高了土壤中某些养分的含量和有效性。目前应用最多的是根瘤菌肥，此外还有固氮菌肥料和固氮蓝藻等。
我国生物肥料的发展经历了近50年，但从总体速度来看是较慢的。近年来，生物肥料的发展速度有所加快，1998年10月还举行了全国生物肥料与生物饲料学术研讨会。据有关材料统计，目前全国已有上百家生物肥料生产厂，所生产的生物肥料不仅品种较多，且功能更强、效果更好，为我国生物肥料的发展带来了新的生机，但从整体来看还没有形成气候，仍属小规模经营。要实现生物肥料的产业化，还需要解决如下五大问题：
