与此同时，生物技术产业经历了有史以来最大规模的并购。如：全球最大的生物制药企业安进公司为获得类风湿性关节炎药物Ｅｎｂｒｅｌ而斥资１６０亿美元收购ＩＭＭＵＮＥＸ公司；Ｍｅｄｌｍｍｕｎｅ公司为获得流感疫苗ＦｌｕＭｉｓｔ收购了Ａｖｉｒｏｎ公司；千年制药公司收购ＣＯＲ；Ｃｈｉｒｏｎ为加强肿瘤治疗产品开发收购Ｍａｔｒｉｘ Ｐｈａｒｍａ公司；Ｂａｙｅｒ公司为获得艾滋病(ＨＩＶ)病毒载量检测试剂收购Ｖｉｓｉｂｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ公司；最重要的并购当然是辉瑞与法玛西亚公司高达６００亿美元的并购交易。
制药厂商与生物技术公司广泛合作
全球最具竞争力的生物技术公司通过跨国合作、兼并和剥离等方式进行的战略重组，大大刺激了大型化学药品制造企业经营策略边缘化和与生物制药企业的结盟与战略重组，促进了医药－生物技术公司之间的合作，勾画出了这两大产业之间有机结合的均势。
在制药公司与生物技术公司合作方面，２００２年最引人注目的有两个：一是安万特向Ｇｅｎｔａ公司投资４８亿美元合作开发反义技术药物。二是葛兰素史克和Ｅｘｅｌｉｘｉｓ达成的价值２亿美元的合作。２００２年全年公司合作涉及金额约为５５亿美元。２００３年，制药业的巨人默克与一家位于波士顿１２８公路的小型生物技术公司达成了一项价值１亿美元的合作交易，以完善产品渠道。经营一向稳健的制药商礼来，通过与一家刚成立不久、位于西雅图的Ｉｃｏｓ生物技术公司合作进行Ｃｉａｌｉｓ药物的研发，从而投身于由万艾可统领的火药味极浓的抗ＥＤ药市场中。２００３年１１月，ＦＤＡ对Ｃｉａｌｉｓ的上市申请的批准，把礼来推向与辉瑞同等竞争的位置。
大型制药公司机构臃肿，因此他们更需要风险较小的改革措施以加大赢利能力。同时，他们还力求吸纳那些自认为在企业里能更好地从事前沿工作的生物技术领域的天才科学家们。越来越多类似默克和礼来销售增长缓慢或停滞不前的制药公司正积极寻求与快速成长的生物技术公司合作，试图研制出一系列癌症及其他疾病的治疗新药。这一趋势揭示了药品等传统制造工业正大范围地向生物技术领域渗透。
由于生物技术逐渐成熟，有些公司渐入佳境，Ａｍｇｅｎ、Ｇｅｎｚｙｎｅ、Ｇｅｎｅｔｅｃｈ、Ｃｈｉｒｏｎ与Ｂｉｏｓｅｎ是属于第一波成功的几家公司。由于新产品上市带来业绩与收入的增长，进而促使其将更多的人力物力投入研发。另外，一些新创建的生物技术公司由于拥有独特的研究开发成果、经验丰富的管理团队、较充足的流动资金和巨大的发展潜力，因此也吸引了不少创投基金。
