然而，作为院所下属科研型企业，百奥药业与其他诸多院所企业一样，在市场上遇到了前所未有的考验。原因是科研出身的企业领导人不仅缺乏企业管理经验，更不善于开发市场，致使市场迟迟无法打开，甚至企业的生存都岌岌可危。当时身为总经理助理的侯全民异常焦虑，然而单靠一己之力却难以改变企业现状。失望之余，其对企业的发展逐渐失去信心。于是，他在1996年5月离开百奥药业，到河北省担任科技副县长，进行挂职锻炼。
而在此期间，百奥药业的产品销售一直没有大的突破，直到1998年，已经拥有百名员工的百奥药业，其产品的年销售额仅为500万元，利润更是可怜，几乎是零。
艰难转型
与此同时，心脑血管药物市场却在急剧扩大。根据FDA的统计数据，心脑血管疾病已成为我国最大高发疾病，每年发病率1300万例以上。目前心血管药物的销量已经超过全国药品的25%，仅抗栓溶栓类药品市场就超过20亿元。这个时候，百奥药业的股东们再也坐不住了。他们迫切地希望能有新的血液进来，拯救百奥药业于危难之中。于是，在百奥药业股东的力邀之下，已经挂职锻炼归来并担任所科技开发处副处长的侯全民，于1999年2月再度入主百奥药业并出任百奥药业总经理。
百奥药业的转型也就由此开始，侯全民将之归结为“二次创业”。得到充分授权的侯全民，上任之后就对企业着手进行整顿。
第一步工作就是彻底了解企业当时的生产能力。为此，他招聘了一个生产助理，按照当时生产的体制、工作量计算现有生产能力；另外他还聘请一位博导从技术上分析企业的生产能力。经过半年多的摸索，侯全民了解到，在人员不增加的情况下，企业的生产能力能增长５～６倍。
对企业的生产能力有了透彻了解之后，侯全民又开始着手建立企业的销售队伍，拓展新的市场。措施之一就是稳定现有销售骨干。当时，侯全民给他们的承诺是：“我以个人人格担保，即便公司赔了，或我自己拿不到钱，只要你的钱回了，我立马跟你兑现，而且当月兑现。”措施之二是调整企业人才结构。通过努力，他将一部分生物物理所科研人员转型而来的、观念无法适应公司变革的人员全部辞退，并通过吸纳符合市场需求的专业人才来充实企业队伍。这种调整直到2001年才完成。
