巴布亚企鹅幼鸟前后换羽两次(这在鸟类中独一无二)。主要敌害有贼鸥、豹海豹。巴布亚企鹅非常胆小,当人们靠近它时,会很快地逃走。它们在南极洲和亚南极地区的岛屿上繁殖,包括富克兰群岛和 Crozet 群岛。在这些岛上,巴布亚企鹅在多草的地方筑巢繁殖。
雌企鹅在南极的冬季产卵,每次2枚,雌、雄企鹅轮流孵卵,先雄后雌,每隔1~3天换班一次。孵卵期较长,达七八个月,小企鹅发育较慢,3个月后才能下水。如果两枚卵都孵化出来,它们就抢着让父母喂自己食物。这时,企鹅父母会逃到一边去,小企鹅们将紧紧地追着父母要喂它们。体大的、年长的小企鹅在比赛中获胜,得到父母的食物,另一只小企鹅只好等下一次了。如果食物不充足,通常第二只孵出来小企鹅会被饿死。