巴布亚企鹅幼鸟前后换羽两次（这在鸟类中独一无二）。主要敌害有贼鸥、豹海豹。巴布亚企鹅非常胆小，当人们靠近它时，会很快地逃走。它们在南极洲和亚南极地区的岛屿上繁殖，包括富克兰群岛和 Crozet 群岛。在这些岛上，巴布亚企鹅在多草的地方筑巢繁殖。

　　雌企鹅在南极的冬季产卵，每次２枚，雌、雄企鹅轮流孵卵，先雄后雌，每隔１～３天换班一次。孵卵期较长，达七八个月，小企鹅发育较慢，３个月后才能下水。如果两枚卵都孵化出来，它们就抢着让父母喂自己食物。这时，企鹅父母会逃到一边去，小企鹅们将紧紧地追着父母要喂它们。体大的、年长的小企鹅在比赛中获胜，得到父母的食物，另一只小企鹅只好等下一次了。如果食物不充足，通常第二只孵出来小企鹅会被饿死。