但是由于一些学者公开批评这个新规划过于着重于大项目，规划起草的进程慢下来。２００４年秋，当工作组对这个规划开始定稿时，《自然》杂志发表了一系列评论文章。其中对规划中的某些部分进行了严厉的批评，一些批评也涉及到组织起草并保证实施这个规划的科技部。
在其中的一篇，三名优秀中国学者－－饶毅，美国国立卫生院的神经生物学家鲁白，以及中科院生物物理学家邹承鲁－－认为科技部的经费管理缺少透明度，官僚机构拥有太大的权力来支配科学家。作者建议剥夺科技部的经费预算权力并强化同行评议的课题资助机制。在另一篇文章中，加州大学伯克利分校任教并兼中科院上海生物所神经生物所所长浦慕明强烈批评了资源浪费和很差的科研诚信度。他认为这些弱点在大科研项目中将无法避免。中国的媒体也对科技规划开始了广泛的批评。
科技部向新闻出版署表达了不满。于是这个监管部门强行阻止了这场争论并禁止《自然》杂志的中国增刊在国内发行，同时还警告中国的新闻编辑们不要受国外势力的操纵。《科学与文化评论》的主编刘钝表示，“让我最难理解的是他们认为我们是国外媒体的同谋”。这份小杂志被责令停止关于中国科技机构改革争论的出版计划。关于科技规划进展的讨论从中国媒体中彻底消失，一些异议者也被从工作组中开除。
耽搁了一年多，科技规划终于浮出水面，其中大科学居于前沿和主导地位。
超大型化
这四项基础研究都是中国已经有大量投入的战略性领域。据一个和政府规划部门熟悉的研究者透露，每个超大型项目都将在未来的１５年内得到１０亿美元的投入。国家纳米技术中心的首席科学家解思深认为，在比如纳米技术等热门领域“肯定会有更多的创新机会”。２００３年底，中科院纳米中心和北大清华的相应研究小组合并组成了这个中心。据认为这个合并将使这个中心在新的科技规划中获得较高的评估。
这个科技规划使得国家纳米中心和北京蛋白质研究中心在他们各自领域中处于主导的位置。这也让一部分人感到担忧。普林斯顿的分子生物学家施一公表示，“我强烈反对由一个首席科学家”来控制上千万研究资金的体制。２００４年８月，施和其他１０位旅美华人生物学者协会（该协会由在美国工作的华人生物学者组成）的成员向温家宝提交了一份公开信。信中他们表达了对科技规划草稿中超大型生物项目的担忧。他们认为这些项目将会失败并且还压制竞争。
其他两个超大型项目中的某些方面可能对小研究组更有吸引力。那些参与制定发育和生殖生物研究规划的学者认为他们将建立一个基于学术能力的评审机制来发放资金。中科院昆明动物研究所的张亚平认为这个项目“将促进遗传学、发育生物学、和进化研究间的交流。这种交流是个非常有前途的方向”。
还有一些批评者担心资金可能会被浪费掉。由于缺少掌握新技术的人才，昂贵的新设备可能会白白损耗掉。丘成桐认为：尽管政府设法吸引海外学者及外国学者来华工作，但“基础研究的学者还远远不够” 。
还有些批评认为这个规划有个战略错误：把一个１５年规划局限在几个重点课题上将会使今后很难改变研究方向，丘警告说，“把资金长期承诺到只是现在认为重要的方向上很不好”。他指出这个规划忽视了“很多重要的领域”－－包括他自己的数学领域。一些学者甚至预言那些不时髦的领域将出现人才流失。北京生命科学研究所所长，农业生物学家邓兴旺说，“研究者们将从他们原来的研究方向换到规划所扶持的领域。如果他们不这么做，他们就很难拿到研究经费”。就是中国基础研究的主要资金来源－－国家自然科学基金－－也已经站在了起跑线上。虽然今年的的资金将增加５千万美元从而达到４－５亿美元，但它的２００６年手册上强调“整合国家战略需要和科学独立发展” 。
另一个担忧是大项目可能会缺少必要的监督。正如饶毅和他的同事们在他们的评论文章中指出的，如果中国某个领域内几乎所有人都属于同一个大项目，那么就没有人能客观地评价这个项目。一些学者建议引入海外学者来参与评审。施一公表示：“政府必须建立一个更加开放的体制来允许海外学者参与评议” 。
段认为这些反对观点将会被证明是错误的。他说：“通过迎合国家需要，基础研究将获得一个跳跃性发展的机会。以兴趣为主的自由研究仍将有很大的余地” 。但是其他人认为这个科技规划是一个数百亿美元的赌博。
（宫一栋为新华社特稿社记者）
Science, March 17, 2006,
Vol. 311. no. 5767, pp. 1548 - 1549
DOI: 10.1126/science.311.5767.1548
China Bets Big on Big Science
Hao Xin and Gong Yidong*
