2、虽然胚胎干细胞能分化成各种细胞类型，但这种分化是“非定位性”的。目前尚不能控制胚胎干细胞在特定的部位分化成相应的细胞，当前的做法容易导致畸胎瘤。在应用胚胎干细胞治疗前，必须先进行初步的细胞诱导分化，以防止畸胎瘤的发生。应用胚胎干细胞时，也必须确认胚胎干细胞供者没有诸如（肌）营养失调症之类的遗传性疾病。相对而言，成体干细胞不存在上述问题，例如骨髓移植实验并不引发畸胎瘤。
3、细胞也具有类胚胎干细胞的高度分化能力。
但应该看到，尽管成体干细胞具有一定的优越性，但仍有一些因素限制了它的利用，主要包括：1.人们尚未从人体的全部组织中分离出成体干细胞，例如人们尚未发现人类的成体心脏干细胞。2.成体干细胞含量极微，很难分离和纯化，且数量随年龄增长而降低。3.在一些遗传缺陷疾病中，遗传错误很可能也会出现于病人的干细胞中，这样的干细胞不适于移植。4.成人身上获得的干细胞可能没有年轻人的干细胞那样的增殖能力。5.由于日常生活中人是暴露在各种环境之下的，日光和毒素等都有可能造成基因突变，成体干细胞可能包含更多的DNA异常等等。这些潜在的弱点必将在某种程度上限制成体干细胞的使用，因此成体干细胞研究不可能完全代替胚胎干细胞。
胚胎干细胞自身的优势： 1、 胚胎干细胞能永生化，可以传代建系，且增殖能力强，来源充沛。
4、胚胎干细胞具有全能性，研究的历史长，技术上有优势。虽然成体干细胞具有向多系分化的能力，但这种分化的“效率”尚不理想。通过体外的扩增培养能提高转化效率，但是体外的转化是否会引起成体干细胞遗传变化还有待证实，而且这种分化是否是成体干细胞多系分化的结果尚无法肯定。即使是成体干细胞多系分化的结果，我们也不明了是何种信号诱导了整个过程的发生。而胚胎干细胞的研究已经有三十多年的历史。鼠胚胎干细胞的研究已经证明了胚胎干细胞的全能性。相应的信号诱导机制的研究也取得了长足的进展。目前鼠胚胎干细胞的研究成果给正在进行的人体胚胎干细胞研究很大的助力。
成体干细胞和胚胎干细胞各有自身的优势和缺陷。对于一个实验室而言，同时开展对两者的研究，不仅是可能的，而且能互为裨益，相得益彰。两者的研究对干细胞领域而言都是必要的。
成体干细胞的问题：
人类成体干细胞研究表明，这些专能干细胞在细胞疗法的研究和发展中具有极大的利用价值。例如，利用成体干细胞进行移植有诸多优势。如果能从病人身上分离出成体干细胞，诱使它们分化并指导它们进行特化发育，而后将它们移植回病人体内，这样的细胞不可能发生排斥现象。使用成体干细胞进行这样的治疗，显然会降低、甚至避免使用来源于人体胚胎或人体胎儿的干细胞（这些来源往往会给人们带来伦理上的麻烦）。
成体干细胞显示出真正的希望，但仍有一些重要的因素限制了它们的利用。首先，人们尚未从承认体内的全部组织中分离出成体干细胞。尽管多种不同类型的专能干细胞已得到确定，但所有类型细胞和组织的成体干细胞尚未在成人体内发现。例如，人们尚未发现人类的成体心脏干细胞或成熟胰岛干细胞。
其次，成体干细胞含量极微，很难分离和纯化，且数量随年龄增长而降低。比如，成人的脑细胞有可能是神经干细胞的情况，只是在移除癫痫患者的部分脑组织时才可见，而这一点价值甚微。
如果尝试使用患者自身的干细胞进行治疗，那么首先必须从患者体内分离干细胞，并体外培养，只至有足够数量的细胞才可用于治疗。对于某些急性病症，恐怕没有足够的时间进行培养。在另一些遗传缺陷疾病中，遗传错误很可能也会出现于病人的干细胞中，这样的干细胞不适于移植。有证据表明，成人身上获得的干细胞，可能没有年轻人的干细胞那样的增殖能力。此外，由于日常生活的暴露，包括日光、毒素、以及在一生中DNA复制过程中的某些错误，成体干细胞可能包含更多的DNA异常。这些潜在的弱点将限制成体干细胞的使用。
在成体干细胞上可能无法研究细胞特化的早期阶段，因为它们的特化性比多能干细胞强。此外，一个成体干细胞系能形成几个，可能是3 或4个组织类型，但目前，还没有明显的证据表明成体干细胞具有多能性，无论是人类还是动物。为了确定众多人体特化的细胞和组织的最佳来源，为新疗法乃至治愈方法服务，进行成体干细胞发展潜能研究及其与多能干细胞的对比研究将是非常重要的。
