在研究蛋白质的结构功能特点、作用方式过程中, 有时还要通过突变、加抑制剂等手段破坏蛋白质间的相互作用。 针对实际工作中的这种需要, Vidal等人发展了所谓的逆双杂交系统(reverse two-hybrid system)^［10,11］。 这项技术的关键是报道基因URA3的引入。 URA3基因在这里起到了反选择的作用, 它编码的酶是尿嘧啶合成的关键酶。 该酶能把5-氟乳清酸(5-FOA)转化成对细胞有毒的物质。 Vidal等人通过改造在URA3基因的启动子内引入Gal4的结合位点。 这个改造的酵母菌株在缺乏尿嘧啶的选择性培养基上只有当“诱饵”和“猎物”相互作用激活URA3基因的表达才能生长。 在含有5-FOA的完全培养基上“诱饵”和“猎物”的相互作用则抑制细胞的生长。 然而如果目的蛋白, 即与DB或AD融合的蛋白质发生了突变或者由于外加药物的干扰不再相互作用, URA3基因不表达, 则细胞能在含有5-FOA的完全培养基上生长。 通过这种方法，Vidal等人筛选到了转录因子E2F1的突变物, 这些突变物仍然能结合视网膜母细胞瘤蛋白RB, 但是丧失了同另外一种称为DP1蛋白的结合能力。 结果得到了体外结合实验的验证。 通过对这些突变蛋白基因的测序, 他们发现了新的E2F1同DP1结合的位点。
　　以上介绍的酵母双杂交系统都是建立在对RNA聚合酶II的激活的基础上的。 这意味着双杂交过程是在细胞核内完成的。 然而许多待研究的蛋白质是膜蛋白, 它们需定位到膜上之后才能表现正常的生物功能，与其他蛋白质起作用。 有些真核细胞蛋白还要经过翻译后的加工修饰如二硫键的形成、糖基化、聚异戊二烯基化等。 这些加工修饰在正常的细胞核内不可能发生。 有些蛋白质本身具有激活转录的活性, 它们可不经过双杂交相互作用即能激活报道基因的表达。 因此根据需要有人又发展了新的双杂交系统。 例如, Aronheim等人设计了一个Sos蛋白介导的双杂交系统^［12］, 也被作者称为Sos救活系统(Sos recruitment system)。 人的鸟苷酸交换因子-Sos蛋白是一种胞质蛋白, 而酵母的鸟苷酸交换因子-cdc25蛋白定位在内膜上, 可将相关受体信号传导给Ras蛋白。 由cdc25突变产生的一种温度敏感突变型细胞不能在36 ℃条件下生长。 但是, 如果Sos蛋白可以通过某种方式被定位到酵母细胞内膜上, 那么它在这种温度敏感突变型细胞中因替代cdc25蛋白的作用, 而使酵母恢复在36 ℃条件下生长的能力。 在Aronheim等人设计的系统中, 待研究的两个蛋白质分别与豆蔻酰基化信号片段和Sos蛋白融合, 前一个融合蛋白定位于膜上, 如果两个待研究蛋白质之间存在相互作用, 这将使Sos也定位到膜上, 从而可激活Ras蛋白使酵母在36 ℃下生长。 利用该技术Aronheim等人找到了c-Jun的两个新的作用伙伴。
　　此外还有其他类型的双杂交甚至三杂交系统, 本文不再详述。

3　双杂交系统在蛋白质组研究中的应用
　　双杂交系统在蛋白质组研究上的应用可以说尚处于尝试阶段, 这方面的文献报道还很少, 但已显示其在分析鉴定细胞内复杂的蛋白质相互作用方面的潜力。 这里以两家实验室的工作为例作一介绍。

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