1．转录响应过程
转录响应过程有三部曲：(l)转录因子受控移位，进入细胞核。作为蛋白质的转录因子是在细胞质中合成的，但是它是在细胞核内转录基因的。因此，转录因子必须进入细胞核。转录因子进入细胞核的过程是受调控的，不是自发的。已经知道，转录因子分子中的核定位信号序列和细胞质滞留信号序列的受控激活与转录因子进入细胞核有关。研究得比较清楚的是核定位信号序列。它的生物活性来自其分子中一段短短的由碱性氨基酸残基组成的肽段。当这个肽段与这些抑制蛋白结合时，核定位信号序列就失去作用。细胞外的信号刺激可以使抑制蛋白从核定位信号序列上解离下来，使转录因子得以进入细胞核。此外，核定位信号序列被磷酸化，则可以促进转录因子进入细胞核。(2)转录因子与DNA结合。转录因子是一种DNA结合蛋白，它必需与它所调节的基因的转录调节元件结合才能发挥作用。这个过程也是对信号转导响应的结果。这体现在：（A）许多DNA结合蛋白都是以寡聚体形式与DNA结合的，它的每一个单体都是没有转录活性的。因此，那些能够刺激转录因子寡聚化的信号就可以调节控制转录因子的活性。比如，许多细胞因子的信号转导通路都激活转录因子STAT(信号转导和转录激活蛋白)。其机制是信号转导通路中激活的激酶使得STAT蛋白分子中的酪氨酸磷酸化，STAT蛋白上还有一个叫做SH2的功能域，它能与磷酸化的酪氨酸相互作用。然后，通过两个同源或者异源 STAT分子中磷酸化酪氨酸与彼此间的SH2的相互作用，就形成同源或异源的 STAT二聚体。它进入细胞核并与基因调控元件结合而激活转录。又如，热休克信号可以激活热休克因子的三聚化；（B）有些转录因子本来就与抑制蛋白结合着，这些抑制蛋白封闭了转录因子的DNA结合域，使转录因子不能与DNA结合和激活转录。但是，在信号刺激下，抑制蛋白与转录因子就可以结合DNA了。（C）许多转录因子的DNA结合域通常是碱性的，它有利于转录因子与酸性的DNA结合。因此，DNA结合域内的位点或其邻近位点被磷酸化时，就可以通过直接的静电相互作用而阻止DNA与转录因子结合。而信号刺激可以诱导这些位点的去磷酸化作用，从而加强了转录因子与DNA的结合。由此可见，信号转导对转录因子与DNA结合的调节是多方面的，不同的信号分子，不同的转录因子都有不同的调节控制方式，造成了信号转导有不同的转录响应；(3)转录因子的激活。许多起基因转录因子作用的DNA结合蛋白有两个功能域。一个就是DNA结合域，通过它与DNA结合；另一个是转录功能域，通过它激活基因表达。但是，转录因子的转录功能域本身首先必需被激活才能发挥激活基因转录的作用。最常见的转录因子激活方式是它的功能域的磷酸化。这个作用是受信号转导调节的。有些信号转导途径使转录因子在细胞核内被激活，许多原癌基因的激活(它们的产物是通用的转录因子) 就是这样。有些信号转导途径使转录因子在细胞的膜结构上被激活，比如 Jak／STAT途径，STAT激活后才进入细胞核；有些信号转导途径使转录因子在细胞质内激活。这时的转录因子常常与抑制蛋白相结合而失活，而对信号转导的响应就使抑制蛋白解离下来并激活了转录因子。需要注意的是通常一条信号转导通路就足以激活转录因子。但是，有些转录因子本身是一个由多个亚基组的复合物。它的每一个组分都分别受到不同的信号转导途径的调节。因此，需要整合所有这些信号并对各种不同的信号转导产生响应才能将它激活。这就使得信号转导的转录响应变得十分复杂，当然，也十分有趣。
