http://www.genesil.com/docs/Rational%20siRNA%20design%20for%20RNA%20interference.pdf
8条与siRNA功能相关的原则：
1.GC含量30%-52%
2.sense链的15-19碱基中至少含有3个A/U
3.不含有反向重复序列
4.sense链的第19碱基为A
5.sense链的第3碱基为A
6.sense链的第10碱基为U
7.sense链的第19碱基不是G/C
8.sense链的第13碱基不是G Guidelines for the selection of highly effective siRNA sequences for mammalian and chick RNA interference
http://www.genesil.com/docs/Guidelines%20for%20the%20selection%20of%20highly%20effective%20siRNA%20sequences%20for%20mammalian%20and%20chick%20RNA%20interference.pdf
同时满足以下四点的siRNA能够达到较高的基因沉默效果：
1.antisense的5’端为A/U
2.sense的5’端为G/C
3.antisense的5’端的7个碱基中至少有5个A/U
4.siRNA序列中没有连续9个以上的GC片段 An algorithm for selection of functional siRNA sequences
http://www.genesil.com/docs/An%20algorithm%20for%20selection%20of%20functional%20siRNA%20sequences.pdf
分析得到六个与基因沉默功能相关的siRNA序列特点：
1.sense链’5’与3’端的3个碱基中A/U含量不对称。
2.sense链的第1个碱基为G/C
3.sense链的第6个碱基为A
4.sense链的第19个碱基为A/U
5.sense链的第1个碱基不是U
6.sense链的第19个碱基不是G
另外，GC含量在31.6%-57.9%
文中指出，明显有效的siRNA序列需要满足3’端的3个碱基中A/U数量比5’端的3个碱基中A/U数量至少多1个，而且至少满足第2，3，4点中的两点。