尽管PTGS（首先在植物和真菌体内发现）和RNAi（首先在线虫和果蝇体内发现）被独立证明，但遗传学和生物化学分析表明这些多步骤途径存在很强的进化联系。这些途径拥有一些共同元素，包括他们都由双链DNA(dsRNA)触发产生，触发器dsRNA被酶解成长度为20-25个核苷（nts）的小片段——这些小片段似乎可调节靶单链RNA(ssRNA)的序列特异性的确认。负责切割触发dsRNA的酶已被确认为双链RNA特异性的RNA酶（RNase），并且命名为切割器（dicer）。该切割器产生的dsRNA片段与RNase III切割后带有5'端磷酸基团和3'端的羟基及末端带有突出的2-3核苷的片段类似。证明这些小dsRNA或短干扰性的RNAs（siRNAs）能作为酶复合物的导向者的证据，包括在进入的dsRNA相对应区域的21-23nts的核苷酸的正常间隔的包括靶mRNA切割的靶ssRNA的降解。在果蝇和线虫的RNAi中必须存在具有螺旋酶的活性及另外一个未知功能的结构域的切割器。另外，切割器在正常发育所需的转录过程中发挥作用。迄今为止，只确定了靶RNA切割所必需的多亚基酶复合体或RNA诱导的沉默复合体（RISC）一种蛋白成分。这种蛋白，即Argonaute2，是参与生殖细胞和干细胞产生的蛋白大家族中的一员。该家族中的蛋白具有PAZ和PIWI的保守结构域。包括切割器的一些具有PAZ或PIWI结构域的基因被认为与RNAi有关联，但至今仍然不明白这些蛋白的大多数如何参与PTGS和RNAi的形成。图1是介导基因沉默的dsRNA的某些方面的一个模型。在一些物种中，有证据表明RNA依赖性RNA多聚酶参与了PTGS和RNAi的形成，这些过程能系统性扩展基因沉默效应，并且与长期保持基因沉默如植物中的DNA甲基化的机制有关。
在哺乳动物体细胞内dsRNA触发基因沉默
在植物、真菌和无脊椎动物等的很多物种内已经证实存在dsRNA触发的基因沉默。一些在脊椎动物细胞内调节基因表达的非特异性效应的dsRNA触发途径妨碍了证实哺乳动物体细胞内的的RNAi样反应的存在。能被dsRNA活化的两条最好哺乳动物途径是：(1) dsRNA依赖的蛋白激酶(PKR)和干扰素途径，该途径引起对蛋白合成和凋亡的全身性的抑制；(2) dsRNA诱导的2′–5′多聚腺苷酸的合成，该途径导致非特异性的RNA酶即RnaseL的活化。可是，PKR不能被少于30个核苷的dsRNA活化，因此，我们及其他研究小组最近检测了合成的小dsRNA或siRNA是否能够避开非特异途径，并且在哺乳动物细胞内触发基因表达的序列特异性抑制。
在这些早期研究中，采用的主要方法是：表达标志基因的质粒和与靶标志基因或对照序列相对应的合成的dsRNAs共转染（采用脂质体）。在两组的研究中采用的小dsRNAs (21–23 nts)大致相似，由化学合成并退火成单链的在3′端突出2个核苷的有意义和反义RNAs构成。
