尽管真核细胞用RNA干涉抵御转座子和病原体，它们也利用这个方法来调节自身基因的表达。最近的一篇文章发现了RNA干涉在控制内源基因表达的新例子，揭示了一个新的负调节机制。生物信息学分析表明，在脊椎动物中RNA干涉的目标基因可能有数千个。

微小RNA(MicroRNAs;miRNAs), 短干涉RNA(short interfering RNAs;siRNAs）, 和重复序列关联的短干涉RNA（repeat-associated siRNAs ;rasiRNAs）调节着内源基因的表达，它们生物合成的一些特点如图所示。对于siRNAs和rasiRNAs，双链结构可能由染色体基因座的双向转录引起；也可能是单向转录后，再由RNA依赖的RNA聚合酶（RNA-dependent RNA polymerase;RdRP）处理，这两种情况是具有生物体和细胞特异性的。RNAs有非常不同的沉默结果（如图中底部的箭头所示）。实线表明已经确证的过程，虚线表明没有直接实验证实，只有间接的实验证实，详细情况可以见文章：Silence from within: Endogenous siRNAs and miRNAs. Volume 122, Issue 1 , 15 July 2005, Pages 9-12