在利用RNAi对基因进行研究时，首先要设计你所需要的RNA分子。在RNA干扰分子设计时，对于序列的选择没有特别的要求，但是在进行RNAi分子的设计时都遵循一些通用的规则。

①RNA干扰分子的长度：21～23nt是最佳的分子长度，至少是20个核苷酸同mRNA准确配对,siRNA分子在21nt同时在3′端具有两个TT的结构是具有最佳的基因沉默效果。

②在目标分子的作用部位选择上，一般认为在cDNA的起始转录位置下游50～100bp处较好。要避开转录的非翻译区，因为这些部位可能是一些结构蛋白的结合区域。

③选择靶目标时，寻找具有5′-AA(NA)UU的区域作为作用的位点。如果没有这种区域，选择具有5-AA(N21)或者5′-NA(N21)的区域作为作用位点。

④RNA干扰的靶分子选定后，要在www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST 网站上进行比对,将潜在的序列和相应的基因组数据库（人，或者小鼠，大鼠等等）进行比较，排除那些和其他编码序列/EST同源的序列，以确保选择的RNAi分子对作用的基因具有特异性，不会对其他非相关基因发生抑制作用。

⑤RNAi干扰分子的GC含量：一般认为在50％左右，但是文献报道GC含量在32％～79％范围的的RNA干扰分子，仍然具有很好的干扰效果。

⑥应当用一些非特异性RNA探针作为对照(负对照)，这样可以确认在你所研究的模型中目的基因是否存在以及RNA干扰分子的有效性。作为阴性对照的siRNA应该和选中的siRNA序列有相同的组成，但是和mRNA没有明显的同源性。通常的做法是将选中的siRNA序列打乱，同样要检查结果以保证它和目的靶细胞中其他基因没有同源性。

⑦如果siRNA分子在你的模型中受到效率较低，首先考虑的是你的靶基因同细胞系是否准确；以及你的siRNA是否可靠，在目的基因上是否具有多态性和突变位点。