1、生产效率高
显微注射法等传统的转基因技术具有随机性和不可见性，外源基因的拷贝数和整合位点都是随机的，还可能出现嵌合体，整合率极低，得到的转基因动物数量更少，据统计有的医疗公司从1989年至1997年用显微注射技术生产转基因动物平均51.4个动物才得到一个转基因后代，而得到一个转基因克隆后代只需20.8个母体。
2、周期短，成本低
通过核移植克隆迅速产生大量同质的转基因克隆动物，转基因克隆技术在理论上，只需一代时间，就可以产生一个完整的转基因克隆动物系，从而节约了时间和成本，由于植入代孕母畜的全是转基因胚胎，因而提高生产效率，降低费用。
3、可以决定后代性别
以生物制药为目的的转基因克隆动物，生产中，性别是相当重要的，例如需要用雌性生产乳汁。第一代若为雄性，则要等到女儿成熟后才能生产，至少两代。由于选择体细胞作为供体，可以预先决定性别，还可以用PCR对性别检测，只挑选性别合适的细胞作为核供体。
英格兰罗斯林研究所（Roslin）1997年10月宣布已成功克隆出3只携带有人凝血因子ＩX基因转染绵羊早期胎儿成纤维细胞，以该细胞系为供体移植到去核卵母细胞中，经过电和化学刺激后，将卵母细胞植入假孕母绵羊体内发育，获得这3只绵羊。这3只绵羊能高水平地表达人凝血因子IX（125μg/ml）。这一研究引起全世界强烈关注。因为它展示了转基因克隆动物技术的可能性。
1998年，Rohl等人用非静息期胎儿或纤维细胞成功克隆出3只健康、同类的携带外源标记基因的转基因克隆牛。
日本石川县畜产综合中心于1998年8月培育出一头克隆牛，经人工授精，产出第二代克隆牛，证实了克隆牛具有繁殖能力。
