反对转基因食品的人还质疑转基因的产物是否对人体有毒，这主要是针对那些抗虫害转基因作物，它们被转入了源自苏云金芽孢杆菌(拉丁学名Bacillus thuringiensis，简称Bt)的一个基因。苏云金芽孢杆菌在它的芽孢中会分泌一种称为“内毒素”的蛋白质晶体。这种内毒素是无毒的。昆虫吃了苏云金芽孢杆菌的芽孢后，内毒素晶体在昆虫的肠道中溶解，并经过昆虫肠道中的蛋白酶加工，被激活变成了有毒性的蛋白毒素，与肠道细胞表面上的受体结合，造成昆虫肠道穿孔。昆虫因此不再进食，1-3天后饿死。很早以前，这种生物毒素就被做为生物农药使用，向作物喷洒，但是这种生物农药要比化学农药贵很多。把编码内毒素的基因克隆出来，并转入作物细胞中，这样培养出来的转基因作物也能分泌内毒素，害虫吃了转基因作物的叶子后，也吃进了内毒素，将会被毒死。因此，栽培抗虫害转基因作物，可以不用或者少用农药。目前栽培得最多的是抗虫害转基因玉米。
有人可能会担心，我们和牲畜吃了这种含有内毒素的转基因作物，是不是也会中毒呢？内毒素只有在昆虫肠道碱性环境下才能加工成有毒的蛋白，而人和牲畜的胃环境是酸性的，并且它们肠道细胞表面不含有毒素蛋白的受体，因此不会中毒。被人和牲畜吃下去的内毒素，会像其他蛋白质一样被消化、分解掉。用老鼠做的实验也表明内毒素不会影响哺乳动物的身体健康。
转基因作物往往是过量地制造某种外源的蛋白质，即使无毒的话，是否能导致食用者过敏？研究人员在研究转基因作物时，已充分考虑到这个问题。如果一种蛋白质不会导致过敏，那么制造它的转基因作物也不会导致过敏。那些会使某些人过敏的蛋白质如果被导入作物中，则有导致过敏的可能性。过敏症的患者90%以上是对牛奶、干果、蛋类、海产品、小麦、豆类过敏，因此来自这些过敏原的基因将不被采用。对转基因作物制造的新蛋白质，其化学成分和结构与已知的500多种过敏原做比较，如果具有一定的相似性，也会被放弃。大部分的过敏原都难以消化，因此转基因产生的新的蛋白质要检测是否能够被消化，如果不能，该转基因食物也不能供食用。在经过了严格的检测和管理之后，含有过敏原的转基因食物能够上市的可能性很小。
事实上，转基因食品不仅是安全的，而且往往要比同类非转基因食品更安全。种植抗虫害转基因作物能不用或少用农药，因而减少或消除农药对食品的污染，而大家都知，农药残余过高一直是现在食品安全的大问题。抗病害转基因作物能抵抗病菌的感染，从而减少了食物中病菌毒素的含量。应用转基因技术，还可以改变某些食物的致敏成分，使得对这些食物过敏的人也可以放心地食用。例如，5岁以下幼儿和某些成年人会对大豆过敏，这是由大豆中三种蛋白质引起，用转基因技术使编码这些蛋白质的基因失去功能，就能培育出不会导致过敏的大豆。此外，用转基因技术改变种子油的成分，降低饱和脂肪酸的含量，或降低重金属在果实、种子中的沉积，都是很有益身体健康的。
一般人不知道，我们天天吃的大米实际上不是“健康食品”。大米中含有一种叫做肌醇六磷酸的小分子，它能与铁紧紧地结合，使得小肠难以吸收食物中的铁。因此那些以大米为主食的人，容易患上铁缺乏症而导致贫血。
菲律宾国际水稻研究所的研究人员在研究转基因水稻“金大米”时，除了用转基因技术提高金大米中维生素A前体的含量以减少在亚洲人当中普遍存在的维生素A缺乏症，还为了解决铁吸收的问题，往金大米中再转入三种基因：一种是来自真菌的酶基因，这种酶能够把肌醇六磷酸降解掉；一种是来自菜豆的铁蛋白基因，铁蛋白能够储存铁；还有一种是来自印度香米的基因，它生产的蛋白质有助于人的肠道吸收铁。因此，吃这种转基因大米，要比吃普通大米更有益身体健康。
一般人也不知道，转基因技术实际上要比传统的育种技术(例如杂交、用辐射或药物诱变)更安全。传统的育种技术无法控制某个基因在哪里和如何表达，同时改变了许多基因(对此我们往往一无所知)，难以检测产物对环境的影响，并且可能培育出有害健康的性状(对此我们可能一时无法觉察)。
而转基因技术可以准确地控制基因的表达，只动了一个或少数几个我们已知其功能的基因，容易检测产物对环境的影响，并且如上所述，它可以使食物更安全。
