生态的原有自然规律被搅乱？
英国科学家发现转基因作物会种下“恶果”，导致田间蝴蝶和蜜蜂数量急剧下降，威胁生态平衡，而且这种破坏效应会通过食物链影响到处于食物链更高层次的动物，如麻雀、灰雀等，甚至还可能沿食物链而上，危及到更多动物甚至人类。
英国政府近年牵头试验了一批转基因冬油菜田。研究者发现，这种转基因作物可能改变田间野草物种的平衡，导致田间蝴蝶和蜜蜂等昆虫的数量急剧下降，而且还威胁到多种动物的生存。研究者们担心，如果转基因生物大规模释放到自然环境中，将可能造成无法弥补的生态灾难，其中包括基因扩散、生长失控、危害其他生物、物种异化和产生病毒等。这一研究结果刊登在权威的英国《自然》杂志上，引起了学术界的广泛关注。
对于这种研究结果，一向支持转基因技术的人当然不愿接受，但大多数人还是相信科学研究出来的结果。而早在2003年，就有研究项目曾研究了春油菜和甜菜，并证明了转基因作物会减少野草数量、破坏生态平衡。
“马铃薯事件”和“BT基因玉米事件”是否可以作为证据?
转基因产品最明显的优点就是可提高产品的质量和产量，降低成本，并且可以提高土地利用率。然而，正当科学家们在试验田里忙着扩大转基因作物的成果时，一些转基因的反对派们却不时地找出转基因的种种弊端，这就是“马铃薯事件”和“BT基因玉米事件”。
英国的一位研究人员公布他在实验室的研究结果说：用含有转基因的马铃薯饲养大鼠，引起了大鼠器官生长异常、体重减轻、免疫系统遭到破坏，实验结果立即引起轰动。
1999年5月英国的权威科学杂志《自然》刊登了美国康奈尔大学副教授约翰·罗西的一篇论文，引起世人的震惊。论文说，研究人员把抗虫害转基因玉米———BT基因玉米的花粉撒在苦苣菜叶上，然后让蝴蝶幼虫啃食这些菜叶。4天之后，有44%的幼虫死亡，活着的幼虫身体较小，而且无精打采。而另一组幼虫啃食撒有普通玉米花粉的菜叶，则未有出现死亡率高或发育不良的现象。论文据此推断，BT转基因玉米花粉含有毒素。BT转基因玉米是为玉米抗病虫害能力而培育的，其培育方法是向玉米种子中植入一种可以有效杀伤危害玉米害虫的基因。一些科学家认为，植入BT基因使玉米能够产生杀伤害虫的物质，从而具有抗虫害能力，但也因此而具有了毒性。这对生态环境造成不利的影响。
“马铃薯事件”爆发后不久，英国皇家学会在专门对此组织的评审中，却对这项实验指出6条缺陷：不能确定转基因和非转基因马铃薯的化学成分有差异；对食用转基因土豆的大鼠，未补充蛋白质以防止饥饿；供试动物数量少，饲喂几种不同的食物，且都不是大鼠的标准食物，缺乏统计学意义；试验设计差，未作双盲测定；统计方法不当；试验结果无一致性等。但是，英国公众对转基因食品的安全性纷纷表示怀疑，欧洲有关政府也抱着审慎的态度，要对转基因食品的安全性进行验证。
针对“BT基因玉米事件”，转基因食品的支持派则指出，农业生产本身是一种有损环境的活动，转基因作物对环境的损害不会比传统农业更大。植物自身具备了抗虫能力，农民可以减少喷洒杀虫剂，对环境和生物保护是有利的。
